Die ursprüngliche Burg auf dem Marienberg, ein Hügel, der erst in der späten Bronzezeit besiedelt wurde, war wahrscheinlich eine kleine Festung, die Anfang des 8. Jahrhunderts von den fränkisch-thüringischen Herzögen erbaut wurde, zusammen mit einer Kirche, die 741 die erste Kirche der Würzburger Bischöfe wurde. Ab 1200 wurde eine ungewöhnlich große Burg gebaut, die im Spätmittelalter und in der Renaissance erweitert wurde.
Nach der Stürmung der Burg durch die Schweden im Jahre 1631 baute Fürstbischof Johann Philipp von Schönborn einen Kreis von mächtigen Bastionen zum Schutz des Marienbergs. Im Jahr 1945 war die Festung fast vollständig ausgebrannt, und der Wiederaufbau wurde erst 1990 abgeschlossen.
Im ersten Stock des Fürstenbaumuseums (verwaltet von der Bayerischen Schlösserverwaltung) befinden sich das Bibra-Appartement mit wertvollen Möbeln, Wandteppichen und Gemälden, der Fürstensaal mit frühgotischen Arkaturen und der große Echtersche Familienteppich sowie eine Schatzkammer und Gewanzkammer aus der Zeit der Fürstbischöfe. Im zweiten Stock befindet sich das Mainfränkische Museum, das die Geschichte der Festung und der Stadt dokumentiert.
Der 1.300 m2 große Fürstengarten ist vom Burghof aus zugänglich: Er wurde 1937-38 nach Plänen aus dem frühen 18. Jahrhundert rekonstruiert.
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